临床上，鹦鹉常见的寄生虫感染可为体内寄生虫以及体外寄生虫感染两大类，而体内寄生虫又可分为单细胞的原虫类（Protozoa），以及多细胞的体内虫如线虫、绦虫两大类，在这里先就原虫感染做说明。 原虫是动物界中最原始的一群，其个体是由单一细胞所组成，包含有鞭毛虫纲、变形虫纲（如阿米巴原虫）、胞子虫纲以及纤毛虫纲。在鹦鹉的原虫感染案例中，以鞭毛虫纲中的滴虫（Trichomonas）以及胞子虫纲的球虫（Coccidia）为最常见。 球虫病的主要病变在肠道，会造成鹦鹉的下痢及肠炎。鹦鹉会感染球虫病与周围环境的紧迫、压力有密切的关联，鹦鹉若感染了球虫病之后，身体的抵抗力会一落千丈，并更容易感染细菌或其它原虫。 球虫的卵经过芽胞化后才具有感染的能力，鹦鹉若不小心吃入具有感染力的球虫卵囊，等其侵入肠道的上皮细胞后，会破坏肠壁组织而造成肠炎、下痢以及脱水，无法正常吸收养份，使得体重消瘦，甚至拉血便、造成死亡。夏、秋季节是球虫活动力最强的季节，而被含有球虫卵囊的粪便所污染的水源、饲料是主要的感染途径，对幼鸟的伤害比较明显，成鸟的临床症状反倒还好。 要防治球虫，必须保持鸟舍干净、通风良好，每天清理粪便，以避免水及饲料被粪便污染，也可喂食添加综合维生素的饲料，增加爱鸟对球虫的抵抗力及免疫力，并可以每季定期作驱除球虫的动作。